Фізична культура та спорт є складовою частиною виховного процесу і мають важливе значення у формуванні основ здорового способу життя, духовного і фізичного розвитку дітей.
Фізичне виховання — система заходів, спрямованих на зміцнення здоров'я людини, загартування її організму, розвиток фізичних можливостей, рухових навичок і вмінь. Його завданням є створення оптимальних умов для забезпечення належного фізичного розвитку особистості, збереження її здоров'я, отримання знань про особливості організму, фізіологічні процеси в ньому, набуття санітарно-гігієнічних умінь та навичок догляду за власним тілом, підтримання і розвиток його потенціальних можливостей.
В школі-інтернаті існують різноманітні форми фізичного виховання: уроки з фізичної культури, фізкультурно-оздоровчі заходи в режимі дня (ранкова гімнастика, фізкультурні хвилинки під час занять, ігри та вправи на перервах), позакласна спортивно-масова робота :
1. Миколаївська дитячо-юнацька спортивна школа № 3 (ДЮСШ).
2. Миколаївська Спеціалізована дитячо-юнацька спортивна школа олімпійського резервну (СДЮШОР) з легкої атлетики.
3. Миколаївська Спеціалізована дитячо-юнацька спортивна школа олімпійського резервну (СДЮСШОР) по фугболу «Миколаїв».
Фізичне виховання учнів проводиться диференційовано з урахуванням віку, статі та стану їх здоров'я і рівня фізичної підготовленості. Важливе значення має регулярний лікарський контроль за здоров'ям учнів. Важливим напрямком у організації навчально-спортивної роботи в позаурочний час є заняття у спортивних секціях
Спортсмени школи-інтернату постійно стають чемпіонами та призерами як обласних так і Всеукраїнськихх змагань з різних видів спорту.
Високий рівень організації спортивно-масової роботи неодноразово дозволяв ставати чемпіонами та призерами спортивних ігор.